I övre delen av Nilen

Nilens källflod är Kagera, bildad av en kombination av floder som strömmar från områdena söder om Kiwusjön: Nyawarongu, har sin källa i Rwanda, och Ruvuvu startar i Burundi. Efter att ha besegrat 400 km rinner det ut i Victoriasjön och som Victoria Nile rinner det ut i den norra delen av reservoaren. I närheten av Jinja kommer det över ett kristallint substrat, där det skapar flera meter höga Ripon och Owen Falls. Den rinner sedan genom en mycket mindre, Kioga lerig sjö, bakom vilken det stöter på en tröskel. Det bryter igenom de pittoreska Murchison Falls och faller som Victoria Nile till botten av Great Rift Valley, där den rinner genom norra delen av sjön Alberta. Flyter ut ur det, det kallas Albert Nilen. Det lämnar sedan de afrikanska högländerna och går norrut.

I dalarna

Nil Alberta, når det vidsträckta östra Sudanbassängen, känd som Upper Nile Basin, byter namn till Górski Nilen (Bahr al-Jabal). I detta avsnitt är det navigerbart även för större fartyg. Mellan 7 och 9 ° N rinner ut i översvämningsvattnet i Sudd, vilket på arabiska betyder "embolism”. Namnet kommer från en stor mängd vattenlevande vegetation, vilket skapar naturliga dammar, vilket kraftigt begränsar den fria rörligheten för båda vattnen, och fartyg. I detta område ansluter sig den största bifloden till vänsterbanken till Bahr al-Ghazal till bergsnilen, och floden svänger kraftigt österut. Efter att ha fått en biflod från högerbanken nära staden Malakal återvänder Sobat till sin ursprungliga riktning och redan som Vita Nilen (Al-Bahr al-Abyad) den flyter i ett plant och torrt handfat.

Blå Nilen

Vid Khartoum går det med Blue Nile (Al-Bahr al-Azraq), den längsta och mest förekommande i bifloden, vilket ger karaktär till hela floden. Blue Nile flyter från Tana-sjön på den abessinska platån. Den har en bergskaraktär, bär betydande mängder vatten och lera uppslamningar under sommarsäsongen. Nedanför mynningen av Blå Nilen flyter floden som Nilen till dess mynning. Det går in i Bajuda höglandet, som separerar övre och nedre Nilen. Det har en karakteristisk form som liknar en jättebokstav "S."”. Istället för, där det stöter på klipphuggningar av Sahara-skölden i marken, skapar grå starr. Det finns sex i det här avsnittet, i romerska siffror stigande uppströms. De är bara navigerbara när vattennivån är mycket hög. Den sista stora bifloden till Nilen är Atbara som strömmar från de abessinska högländerna. I den längre banan rinner den längsta floden i världen ensam 2500 km genom öknen i Sahara. Den flyter mellan sanden i den libyska öknen i väster och den nubiska och arabiska öknen i öster. Under den tredje grå starr finns en konstgjord behållare med längd 500 km – Nassera Lake. Det skapades som ett resultat av att dämpa upp vattennivån med Great Aswan Dam. dal, där Nilsängen är belägen, i sin mittkurs är den smal och djupt skuren i mjuka sedimentära bergarter. Det vidgas i nedre sträckor, och vid utgången till Medelhavet bildar den ett stort delta.