I øvre del av Nilen

Kildelven til Nilen er Kagera, dannet av en kombinasjon av elver som strømmer fra områdene sør for Lake Kiwu: Nyawarongu, har sin kilde i Rwanda, og Ruvuvu starter i Burundi. Etter å ha slått 400 km renner den ut i Lake Victoria og som Victoria Nile renner den ut i den nordlige delen av reservoaret. I nærheten av Jinja kommer den over et krystallinsk substrat, der den skaper flere meter høye Ripon og Owen Falls. Den flyter da gjennom en mye mindre, Kioga gjørmete innsjø, bak som den møter en feilterskel. Den bryter gjennom de pittoreske Murchison Falls og faller som Victoria Nile til bunnen av Great Rift Valley, der den renner gjennom den nordlige delen av Alberta-sjøen. Flyter ut av det, den kalles Albert Nilen. Deretter forlater det det afrikanske høylandet og setter kursen nordover.

I dalene

Nil Alberta, når det vidstrakte Østsudanbassenget, kjent som Upper Nile Basin, endrer navn til Górski Nilen (Bahr al-Jabal). I denne delen er den navigerbar selv for større skip. Mellom 7 og 9 ° N renner ut i Sudd flomvann, som på arabisk betyr "emboli”. Navnet kommer fra en stor mengde vannvegetasjon, som skaper naturlige demninger, begrenser den frie bevegelsen av begge vann, og skip. I dette området slutter den største bifloden til venstre for Bahr al-Ghazal seg til fjellnilen, og elven svinger skarpt øst. Etter å ha mottatt en sideelv til høyre bank nær byen Malakal, går Sobat tilbake til sin opprinnelige retning og allerede som Den hvite Nilen (Al-Bahr al-Abyad) den flyter i et flatt og tørt basseng.

Blue Nile

På Khartoum slutter den seg til Den blå Nilen (Al-Bahr al-Azraq), den lengste og mest vanlige i vannløpet, som gir karakter til hele elva. Den blå nilen flyter fra Tana-sjøen på det abessinske platået. Den har et fjellkarakter, bærer betydelige mengder vann og gjørmeoppslemming i sommersesongen. Under munningen av den blå Nilen renner elven som Nilen til munningen. Den kommer inn i Bajuda-høylandet, skille øvre og nedre Nilbasseng. Det tar en karakteristisk form som ligner på en gigantisk bokstav "S."”. I stedet for, der den møter bergutskjæringer fra Sahara-skjoldet i bakken, skaper grå stær. Det er seks av dem i denne episoden, i romertall stigende oppstrøms. De kan bare navigeres når vannstanden er veldig høy. Den siste store bifloden til Nilen er Atbara som flyter fra det abessinske høylandet. I det videre løpet løper den lengste elven i verden alene over den 2500 km gjennom ørkensonen i Sahara. Den flyter mellom sanden i den libyske ørkenen i vest og den nubiske og arabiske ørkenen i øst. Under den tredje grå stær er det et kunstig reservoar med lengde 500 km – Nassera Lake. Den ble opprettet som et resultat av å demme opp vannstanden med Great Aswan Dam. Dal, der Nilesengen ligger, i midtgangen er den smal og dypt kuttet i myke sedimentære bergarter. Den utvides i nedre del, og ved utgangen til Middelhavet danner den et stort delta.