Niilin yläjuoksulla

Niilin lähdevesi on Kagera, joka muodostuu Kiwu-järven eteläosista virtaavien jokien yhdistelmästä: Nyawarongu, jonka lähde on Ruandassa, ja Ruvuvu alkaen Burundista. Voitettuaan 400 km se virtaa Victoria-järvelle ja Victoria Niilina se virtaa säiliön pohjoisosaan. Jinjan läheisyydessä se törmää kiteiseen substraattiin, missä se luo useita metrejä korkean Ripon- ja Owen-putouksen. Sitten se virtaa paljon pienemmän läpi, Kioga mutainen järvi, jonka takana se havaitsee vikakynnyksen. Se murtautuu viehättävän Murchisonin putouksen läpi ja putoaa Victoria Niilinä Suuren Rift-laakson pohjalle, missä se virtaa Alberta-järven pohjoisosan läpi. Virtaava siitä ulos, sitä kutsutaan Albert Nileiksi. Sitten se lähtee Afrikan ylängöltä ja suuntaa pohjoiseen.

Laaksoissa

Nil Alberta, saavuttaa laajan Itä-Sudanin altaan, tunnetaan Ylä-Niilin altaana, muuttaa nimensä Górskin niiliksi (Bahr al-Jabal). Tässä osassa se on navigoitavissa myös suuremmille aluksille. Välillä 7 ja 9 ° N virtaa Suddin tulvavesiin, mikä arabiaksi tarkoittaa "emboliaa”. Nimi tulee suuresta määrästä vesikasvillisuutta, mikä luo luonnollisia patoja, rajoittaa huomattavasti kummankin veden vapaata liikkuvuutta, ja alukset. Tällä alueella Bahr al-Ghazalin suurin vasemman rannan sivujoki liittyy Mountain Nileen, ja joki kääntyy jyrkästi itään. Saatuaan oikeanpuoleisen sivujokeen lähellä Malakalin kaupunkia Sobat palaa alkuperäiseen suuntaan ja jo Valkoisena Niilinä (Al-Bahr al-Abyad) se virtaa tasaisessa ja kuivassa altaassa.

Sininen niili

Khartumissa se liittyy Siniseen Niiliin (Al-Bahr al-Azraq), pisin ja runsain vesijoki, mikä antaa luonnetta koko joelle. Sininen niili virtaa Tana-järveltä Abessinian tasangolla. Sillä on vuoristomerkki, kuljettaa kesä- kaudella merkittäviä määriä vesi- ja mutalietteitä. Sinisen Niilin suun alapuolella joki virtaa Niilinä suuhunsa. Se tulee Bajudan ylänköalueelle, erottamalla Ylä- ja Ala-Niilin altaat. Se on tyypillinen muoto, joka muistuttaa jättimäistä kirjainta "S."”. Sijasta, jossa se kohtaa Saharan kilven kalliopaloja maassa, luo kaihia. Niitä on tässä jaksossa kuusi, roomalaisin numeroin nouseva ylävirtaan. Ne ovat navigoitavissa vain, kun vedenpinta on erittäin korkea. Niilin viimeinen suuri sivujoki on Abessinian ylängöltä virtaava Atbara. Jatkossa tietenkin maailman pisin joki kulkee sen yli yksin 2500 km Saharan autiomaavyöhykkeen läpi. Se virtaa lännessä olevan Libyan aavikon ja idässä olevan Nubian ja Arabian aavikon välillä. Kolmannen kaihin alla on keinotekoinen säiliö 500 km – Nassera-järvi. Se syntyi seurauksena vesitason patoamisesta Suurelle Aswanin padolle. Laakso, jossa Niilin vuode sijaitsee, keskiradalla se on kapea ja syvästi leikattu pehmeiksi sedimenttikiviksi. Se laajenee alajuoksulla, ja Välimeren liittymästä muodostaa suuren suiston.